А.В.Евтеев, С.О.Водопьянов, А.С.Водопьянов, Р.В.Писанов

ФКУЗ «Ростовский-на-Дону противочумный институт» Роспотребнадзора, Ростов-на-Дону, Российская Федерация

Резюме: Актуальность работы обусловлена проблемой идентификации генетических факторов, обеспечивающих персистенцию холерных вибрионов с позиции их устойчивости к тяжелым металлам (ТМ). Целью работы было создание базы данных MetGenes и программной оболочки HeavyMetallsAnalyser, позволяющей проводить поиск генов, обеспечивающих устойчивость к ТМ, осуществленной с использованием ресурсов BacMet, UniProt, NCBI и открытых публикаций. База MetGenes объемом 6,58 Мб содержит информацию о 5125 генах устойчивости и предназначена для анализа данных секвенирования и поиска детерминант устойчивости к ТМ без необходимости подключения к сети Интернет. Разработанный программный продукт апробирован при анализе полных нуклеотидных последовательностей 38 штаммов Vibrio cholerae nonO1/nonO139 (НАГ-вибрионов) различных серогрупп, выделенных на территории Российской Федерации из объектов окружающей среды и клинического материала в рамках ежегодного мониторинга холеры. В изученной выборке геномов идентифицировано 44 гена устойчивости к ТМ, которые разделили на 2 группы. К 1-й группе относились гены, которые присутствуют во всех штаммах, например Zinc ribbon-containing protein, Zinc ABC transporter periplasmic zinc-binding protein, ко 2-й – гены, которые присутствуют в единичных штаммах, например acr3 family arsenite efflux transporter. Данный ген был обнаружен в 12 штаммах НАГ-вибрионов, выделенных в 2024 г., из них 1 штамм клинический, а остальные 11 изолятов были выделены из объектов окружающей среды. При этом среди изученных культур, выделенных в 2023 г., данный ген нами обнаружен не был. CzcC был обнаружен нами в 4 штаммах НАГ-вибрионов (1 клинический, 3 из объектов окружающей среды), выделенных в 2023 г., в то время как среди штаммов 2024 г. данный ген обнаружен не был. Созданная база данных MetGenes и программная оболочка HeavyMetallsAnalyser представляют собой эффективный инструмент для изучения генетических механизмов устойчивости микроорганизмов к широкому спектру ТМ.

Ключевые слова: Vibrio cholerae, тяжелые металлы, база данных, гены резистентности, анализ полногеномных сиквенсов

Для цитирования: Евтеев А.В., Водопьянов С.О., Водопьянов А.С., Писанов Р.В. Выявление генетических детерминант устойчивости к тяжелым металлам в геномах Vibrio cholerae. Бактериология. 2026; 11(1): 19-25.

DOI: 10.20953/2500-1027-2026-1-19-25

Читать полностью PDF-файл