В.М.Сорокин, А.С.Водопьянов, М.В.Цимбалистова, Н.В.Аронова, Р.В.Писанов, Ю.Г.Семенко, Р.С.Махмудов, Н.В.Павлович

ФКУЗ «Ростовский-на-Дону противочумный институт» Роспотребнадзора, Ростов-на-Дону, Российская Федерация

Резюме: Francisella tularensis – этиологический агент туляремии, инфекционного заболевания человека, грызунов и зайцеообразных. F. tularensis включает четыре подвида (tularensis, holarctica, mediasiatica и novicida), которые различаются по своей патогенности и приуроченности к ландшафтно-географическим зонам. Несмотря на различия, штаммы F. tularensis проявляют очень ограниченное генетическое разнообразие, что затрудняло разработку полезных инструментов для изучения эпидемиологии патогена. Одним из первых инструментов дифференциации штаммов возбудителя туляремии стал метод VNTR. В дальнейшем развитие методов полногеномного секвенирования (WGS) способствовало созданию методов типирования бактерий с помощью анализа геномных SNP (single nucleotide polymorphism). В настоящее время для генотипирования микроорганизмов все чаще применяются иерархические методы дифференциации, основанные на MLVA и SNP-анализе. Целью исследования является статистический анализ корреляции результатов MLVA и SNP-типирования для выявления генетического разнообразия штаммов двух подвидов – F. tularensis subsp. holarctica и mediasiatica. Сравнительный анализ UPGMA (unweighted pair group method with arithmetic mean) дендрограмм методом танглеграмм позволил оценить согласованность кластеризации данных, полученных при разных способах генотипирования 31 штамма подвида holarctica. Коэффициент корреляции (BGI) составил 0,76, что означает сильную корреляцию разных методов кластеризации. Для 59 штаммов подвида mediasiatica BGI оказался равен 0,89 и приближен к показателю очень сильной корреляции. Корреляция согласованности кластеризации генотипов для обоих методов находится в пределах от сильной до очень сильной, что дает возможность их использования в иерархической схеме генотипирования штаммов F. tularensis двух изученных подвидов. Метод танглеграмм впервые применен для сравнительной оценки результатов генотипирования выборки штаммов возбудителя туляремии двух подвидов (holarctica и mediasiatica) методами MLVA и SNP-типирования.

Ключевые слова: Francisella tularensis, полногеномное секвенирование, SNP, VNTR, танглеграмма, корреляция, филогенетический анализ

Для цитирования: Сорокин В.М., Водопьянов А.С., Цимбалистова М.В., Аронова Н.В., Писанов Р.В., Семенко Ю.Г., Махмудов Р.С., Павлович Н.В. Статистическая оценка согласованности результатов двух методов генотипирования штаммов Francisella tularensis двух подвидов. Бактериология. 2025; 10(4): 61-67.

DOI: 10.20953/2500-1027-2025-4-61-67

Читать полностью PDF-файл