А.Л.Трухачев¹, М.Г.Мелоян¹, А.С.Водопьянов¹, О.Н.Подладчикова¹, А.А.Ковалевич¹, С.Ю.Темякова¹, Р.В.Писанов¹, Д.А.Кузнецова¹, В.А.Рыкова¹, Г.Х.Базарова², А.Ю.Югушев², Е.Н.Рождественский², А.К.Носков¹

¹ФКУЗ «Ростовский-на-Дону противочумный институт» Роспотребнадзора, Ростов на Дону, Российская Федерация;
²ФКУЗ «Алтайская противочумная станция» Роспотребнадзора, Горно-Алтайск, Республика Алтай, Российская Федерация

Резюме: Проведен анализ расположения четырех IS-элементов (IS100, IS285, IS1541, IS1661) в геномах штаммов Yersinia pestis различных подвидов и биоваров. Результаты анализа расположения IS-элементов позволили определить IS-маркеры в этих штаммах и сконструировать праймеры для их выявления с помощью полимеразной цепной реакции (ПЦР). Тестирование сконструированных праймеров было проведено на 109 штаммах Y. pestis. Результаты тестирования показали, что набор из 22 пар праймеров позволяет различать подвиды и биовары штаммов возбудителя чумы, а также отдельные генетические группы внутри биоваров.
В результате такого подхода предложен простой и доступный способ внутривидовой генетической дифференциации чумного микроба – IS-генотипирование, основанное на ПЦР-детекции мест внедрения IS-элементов в геномах разных штаммов возбудителя чумы. Этот способ не требует больших материальных затрат и использования высокотехнологичного оборудования.

Ключевые слова: Yersinia pestis, IS-генотипирование, генотипирование, полимеразная цепная реакция

Для цитирования: Трухачев А.Л., Мелоян М.Г., Водопьянов А.С., Подладчикова О.Н., Ковалевич А.А., Темякова С.Ю., Писанов Р.В., Кузнецова Д.А., Рыкова В.А., Базарова Г.Х., Югушев А.Ю., Рождественский Е.Н., Носков А.К. IS-генотипирование штаммов Yersinia pestis с помощью полимеразной цепной реакции. Бактериология. 2024; 9(1): 72-80.

DOI: 10.20953/2500-1027-2024-1-63-71

Читать полностью PDF-файл