ЛАБОРАТОРИЯ МОЛЕКУЛЯРНОЙ БИОЛОГИИ

Руководитель - Шемякин Игорь Георгиевич

доктор биологических наук, профессор

НАПРАВЛЕНИЕ НАУЧНОЙ ДЕЯТЕЛЬНОСТИ:
Лекарственная устойчивость и эпидемиология туберкулеза и микобактериозов

(ответственный исполнитель Степаншина Валентина Николаевна, кандидат биологических наук)

В рамках этого направления решаются следующие научные задачи:

• Создание коллекции циркулирующих в настоящее время в России клинических штаммов M.tuberculosis (содержащая 1200 единиц хранения на настоящий момент).

• Определение спектров и уровней лекарственной устойчивости клинических штаммов M.tuberculosis, поступающих в лабораторную коллекцию.

• Определение мутаций, детерминирующих устойчивость к рифампицину, изониазиду, стрептомицину, канамицину, этамбутолу и пиразинамиду, клинических штаммов M.tuberculosis.

• Генотипирование клинических штаммов M.tuberculosis методами RFLP-IS6110 (компьютерная обработка программой GelCompar II), VNTR и сполиготипирования.

• Эпидемиологический анализ заболеваемости ТВ, в том числе и лекарственноустойчивым ТВ, в Центральном регионе России.

• Исследования по определению критических концентраций для противотуберкулезных препаратов второго ряда канамицина, моксифлоксацина и циклосерина методами абсолютных концентраций, пропорций и MGIT960.

• Оценка противотуберкулезной активности новых химических соединений.

• Создание коллекции микобактерий нетуберкулезного комплекса, состоящая на текущий момент из 50 штаммов, относящихся к 15 видам.

• Идентификация микобактерий нетуберкулезного комплекса с использованием комплекса микробиологических, биохимических и молекулярно-биологических методов.

Научные разработки:

• Разработана диагностическая система для экспрессного определения устойчивости клинических штаммов M.tuberculosis к рифампицину и изониазиду.

Сотрудниками отдела выполнено ряд международных проектов:

# 810 Молекулярно-биологический и иммунохимический анализ клинических штаммов возбудителей туберкулеза и микобактериозов. (1.06.97-1.09.98)
# 1642 Лекарственноустойчивые штаммы M. tuberculosis: их генетический анализ. (1.10.2000-31.12.2001)
# 1845 Сравнение геномов микобактерий: выявление различий, важных для функционирования и диагностики, при помощи вычитающей гибридизации. (1.10.2000-30.09.2001)
# 1340 Изучение иммуномодулирующих и антиэндотоксических свойств синтетических аналогов a1-кислого гликопротеина. (1.09.99-28.02.03)
# 2225 Сравнение геномов микобактерий: выявление различий, важных для функционирования и диагностики, при помощи вычитающей гибридизации. (1.10.2001-30.09.2003)
# 1847 Исследование молекулярных основ персистенции Mycobacterium tuberculosis. (1.10.2001-30.09.2004)

Сотрудники отдела участвуют в выполнении международных проектов:

#2628 Туберкулез в центре России: генетические особенности возбудителя, лекарственная устойчивость, совершенствование способов ее диагностики. (01.01.2005-30.06.2007)
#2879 Создание исследовательского центра клинических испытаний противотуберкулезных препаратов и испытание на 2-ом этапе исследований моксифлоксацина для лечения туберкулеза на ранней стадии. (01.04.2005-31.03.2008)
#3139/91 Определение критических концентраций противотуберкулезных препаратов II линии (на модели животных), необходимых для тестирования лекарственной чувствительности in vitro.

Избранные публикации

• Степаншина В.Н., Панферцев Е.А., Митрофанова Г.Н., Коробова О.В., Степаншин Ю.Г., Шемякин И.Г., Медведева И.М.

Клинические штаммы Mycobacterium tuberculosis: изучение молекулярных механизмов устойчивости к рифампицину и изониазиду. // Проблемы туберкулеза. –2000. – 1. - С. 32-36.

• Степаншина В.Н., Манзенюк О.Ю., Шемякин И.Г., Коробова О.В.

Идентификация нетуберкулезных микобактерий с помощью молекулярно-биологических методов. // Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунологии. – 2000. – 6. - С. 61-64.

• Шемякин И.Г., Степаншина В.Н., Манзенюк О.Ю., Анисимова В.А., Панферцев Е.А., Коробова О.В., Медведева И.М., Дорожкова И.Р.

Использование молекулярно-биологических методов для оценки эпидемической ситуации по туберкулезу в Российской Федерации. // Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунологии. – 2000. – 2. – С. 6-11.

• Богадельникова И.В., Медведева И.М., Игнаткин В.И., Степаншина В.Н., Дорожкова И.Р., Перельман М.И.

Внутрибольничное распространение возбудителя туберкулеза во фтизиатрическом стационаре. // Нозокомиальная туберкулезная инфекция. Тез. докл. научн. конф. 14-16 июня 2001 г. – М., 2001. - С. 10.

• Богадельникова И.В., Медведева И.М., Игнаткин В.И., Степаншина В.Н., Дорожкова И.Р., Перельман М.И.

Риск трансмиссии Mycobacterium tuberculosis в условиях фтизиатрического стационара. // Нозокомиальная туберкулезная инфекция. Тез. докл. научн. конф. 14-16 июня 2001 г. – М., 2001. - С. 37.

• Шемякин И.Г., Степаншина В.Н., Коробова О.В., Иванов И.Ю.

Клинические штаммы M. tuberculosis – оценка вирулентности. // Нозокомиальная туберкулезная инфекция. Тез. докл. научн. конф. 14-16 июня 2001 г. – М., 2001. - С. 38.

• Shemyakin I.G., Stepanshina V.N., Ivanov I.Y.

Characterization of M. tuberculosis strains isolated from Russian prisoners. // Int. J. Tuberc. Lung Dis. –2001. – V. 5. – 11. - Supl. 1. - P. 237.

• Шемякин И.Г., Степаншина В.Н., Коробова О.В., Иванов И.Ю. Лазарев А.А., Скалдина А.А., Левачева В.А.

Биологические свойства клинических изолятов Mycobacterium tuberculosis. // Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунологии. – 2002. – 1. - С. 7-11.

• Шемякин И.Г., Степаншина В.Н., Коробова О.В., Анисимова В.А., Иванов И.Ю., Липин М.Ю., Лазарев А.А., Скалдина А.И., Чернавская Л.А., Тарасова Т.И.

Генетическое типирование штаммов Mycobacterium tuberculosis методами сполиготипирования и геномной дактилоскопии. // Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунологии. – 2002. – 6. - С. 30-35.

• Shemyakin I.G., Stepanshina V.N., Korobova O.V., Lipin M.Y., Ivanov I.Y.

Investigation of drug-resistant clinical isolates of Mycobacterium tuberculosis derived from TB prisoners. 23rd Annual Congress of the European Society of Mycobacteriology. Abstract Book. (Dubrovnik, Croatia, June 23-26, 2002), P. 73.

• Maiorova A.A., Shemyakin I.G., Gavryushkin A.V., Stepanshina V.N.

Development of rapid diagnostic test for rifampicin resistance in Mycobacterium tuberculosis. 6th John Humphrey advanced summer programme in immunology. Molecular basis of the immune response. September 15-20, 2002, Pushchino, P. 82.

• Shemyakin I.G., Anisimova V.A., Stepanshina V.N., Korobova O.V.

Comparing genomes of Mycobacterium tuberculosis isolates. 6th John Humphrey advanced summer programme in immunology. Molecular basis of the immune response. September 15-20, 2002, Pushchino, P. 123.

• Шемякин И.Г., Степаншина В.Н., Иванов И.Ю., Липин М.Ю., Коробова О.В., Анисимова В.А.

Характеристика клинических изолятов Mycobacterium tuberculosis с использованием молекулярно-биологических методов. // Журнал молекулярной генетики, микробиологии, вирусологии. – 2003. – 1. - С. 32-40.

• Анисимова В.А., Шемякин И.Г., Степаншина В.Н., Коробова О.В.

Сравнение геномов клинических изолятов M. tuberculosis. // Туберкулез сегодня. Тез. докл. VII Российского съезда фтизиатров. – М., 2003. - С. 106.

• Майорова А.А., Степаншина В.Н., Шемякин И.Г.

Видовая идентификация микобактерий методом ПЦР – секвенирования гена 16S rRNA. // Туберкулез сегодня. Тез. докл. VII Российского съезда фтизиатров. – М., 2003. - С. 111.

• Липин М.Ю., Степаншина В.Н., Шемякин И.Г., Коробова О.В., Онасенко А.Г.

Частота встречаемости мутаций в генах rpoB, katG и pncA клинических изолятов M. tuberculosis. // Туберкулез сегодня. Тез. докл. VII Российского съезда фтизиатров. – М., 2003. - С. 111.

• Степаншина В.Н., Липин М.Ю., Иванов И. Ю., Шемякин И.Г., Ильина Е.А.

Характеристика клинических изолятов M. tuberculosis, выделенных от больных туберкулезом в Нижегородской области. // Туберкулез сегодня. Тез. докл. VII Российского съезда фтизиатров. – М., 2003. - С. 114.

• Иванов И. Ю., Степаншина В.Н., Липин М.Ю., Шемякин И.Г.

Молекулярно-генетическое типирование методом RFLP-IS6110 клинических изолятов M. tuberculosis, выделенных от больных-заключенных. // Туберкулез сегодня. Тез. докл. VII Российского съезда фтизиатров. – М., 2003. - С. 109.

• Шемякин И.Г., Гаврюшкин А.В., Степаншина В.Н., Майорова А.А.

Разработка диагностической тест-системы для определения устойчивости M. tuberculosis к рифампицину. // Туберкулез сегодня. Тез. докл. VII Российского съезда фтизиатров. – М., 2003. - С. 116.

• Степаншина В.Н., Иванов И. Ю., Липин М.Ю., Шемякин И.Г.

Сполиготипы клинических изолятов M. tuberculosis, выделенных от больных туберкулезом Центрального региона России. // Туберкулез сегодня. Тез. докл. VII Российского съезда фтизиатров. – М., 2003. - С. 115.

• Липин М.Ю., Степаншина В.Н., Шемякин И.Г., Коробова О.В.

Лекарственная устойчивость клинических изолятов M. tuberculosis, выделенных от заключённых и от городского населения. // Туберкулез сегодня. Тез. докл. VII Российского съезда фтизиатров. – М., 2003. - С. 87.

• Иванов И. Ю., Степаншина В.Н., Липин М.Ю., Шемякин И.Г.

Молекулярно-генетическое типирование методом RFLP-IS6110 клинических изолятов Mycobacterium tuberculosis, выделенных от больных туберкулезом. // Туберкулез сегодня. Тез. докл. VII Российского съезда фтизиатров. – М., 2003. - С. 109.

• Shemyakin I.G., Lipin M.Yu., Stepanshina V.N., Korobova O.V.

Prevalence of drug resistant tuberculosis in Tula (Russia). Tenth anniversary conference of the federation of infection societies (19-21 November 2003, Cardiff City Hall), P. 24.

• Shemyakin I.G., Stepanshina V.N., Ivanov I.Y., Lipin M.Y., Anisimova V.A., Onasenko A.G., Korobova O.V., Shinnick T.M.

Characterization of drug-resistant clinical isolates of Mycobacterium tuberculosis derived from Russian inmates. // Int. J. Tuberc. Lung Dis. – 2004. – V. 8. - 10. – P. 1194-1203.

• Иванов И.Ю., Степаншина В.Н., Липин М.Ю., Коробова О.В., Шемякин И.Г.

Сполиготипы клинических штаммов Mycobacterium tuberculosis, выделенных от больных туберкулёзом в Центральном Регионе России. // Проблемы туберкулеза и болезней легких. – 2004. - 4. - С. 23-27.

• Майорова А.А., Степаншина В.Н., Коробова О.В., Шемякин И.Г., Лазовская А.Л., Ильина Е.А.

Использование ПЦР-секвенирования гена 16S рРНК для видовой идентификации микобактерий нетуберкулезного комплекса.// Журнал молекулярной генетики, микробиологии, вирусологии - 2004. - 3. - С. 11-20.

• Майорова А.А., Степаншина В.Н., Шемякин И.Г., Коробова О.В.

Исследование коллекции микобактерий нетуберкулезного комплекса рестрикционным анализом амплифицированного фрагмента спейсерной последовательности 16S-23S рибосомной ДНК. // Проблемы туберкулеза и болезней легких . – 2004. - 11. - С. 34-37.

• Шемякин И.Г., Пухальский А.Л., Степаншина В.Н., Шмарина Г.В., Липин М.Ю., Алешкин В.А., Афанасьев С.С.

Профилактический и терапевтический эффекты a1-кислого гликопротеина у мышей, инфицированных B. anthracis. // Бюллетень экспериментальной биологии и медицины. – 2005. – Т. 140. - 4. - С. 439-444.

• Dubiley S., Mayorova A., Ignatova A., Kirillov E., Stepanshina V., Kolesnikov A., Shemyakin I.

New PCR-based assay for detection of common mutations associated with rifampin- and isoniazid resistance in Mycobacterium tuberculosis. // Clin. Chem. – 2005. – V. 51. – 2. - P. 447-450.

• Shemyakin I.G., Stepanshina V.N., Lipin M.Y., Ivanov I.Y., Nizova A.V., Blagodatskikh S.A.

The distribution of families of drug-resistant mycobacterium. Abstract. 26th Annual Congress of the European Society of Mycobacteriology. Istanbul, Turkey, June 26-29, 2005, P. 35.

• Shemyakin I.G., Stepanshina V.N., Lipin M.Y., Ivanov I.Y., Nizova A.V.

Molecular Characteristics of LAM/A1 Lineage of Mycobacterium tuberculosis. Abstract. 36th World Conference on Lung Health of the International Union Against Tuberculosis and Lung Disease (The Union), 18-22 October 2005, Paris, France, P. 119.

• Степаншина В.Н., Шемякин И.Г., Липин М.Ю., Иванов И.Ю., Низова А.В.

A1/LAM семейство Mycobacterium tuberculosis. // Молекулярная медицина и биобезопасность. Тез. докл. II Международной конф. 20-21 октября 2005. – М., 2005. - С. 263.

• Липин М.Ю., Степаншина В.Н., Майорова А.А., Гаврюшкин А.В., Шемякин И.Г.

Выявление мутаций в гене rpoB Mycobacterium tuberculosis ПНК-блокированием ПЦР. // Молекулярная медицина и биобезопасность. Тез. докл. II Международной конф. 20-21 октября 2005. – М., 2005. - С. 179.

• Степаншина В.Н., Липин М.Ю., Иванов И.Ю., Низова А.В., Благодатских С.А., Шемякин И.Г.

Распределение лекарственно-резистентных клинических штаммов Mycobacterium tuberculosis, относящихся к различным генетическим семействам, является регион-зависимым в Центральной части России. // Молекулярная медицина и биобезопасность. Тез. докл. II Международной конф. 20-21 октября 2005. – М., 2005. - С. 263.

• Шемякин И.Г., Степаншина В.Н., Низова А.В., Благодатских С.А.

Распределение лекарственно-резистентных клинических штаммов Mycobacterium tuberculosis в Центральной части России. // Биологические мишени для действия лекарственных препаратов нового поколения. Перспективы интеграции российских ученых в международную кооперацию. Тез. докл. Международной конференции 28-30 марта 2006 г., - Химки, 2006. - С. 30.

• Azhikina T., Gvozdevsky N., Botvinnik A., Fushan A., Shemyakin I., Stepanshina V., Lipin M., Barry C. 3rd and Sverdlov E.

A genome-wide sequence-independent comparative analysis of insertion–deletion polymorphisms in multiple M. tuberculosis strains. Research in Microbiology. - 2006. - V. 157. – P. 282-290.

• Степаншина В.Н., Иванов И.Ю., Липин М.Ю., Шемякин И.Г.

Характеристика клинических штаммов Mycobacterium tuberculosis А1 семейства. Журнал молекулярной генетики, микробиологии, вирусологии. – 2006.- 2. – C. 29-33.

• Shemyakin I.G. Anisimova V.A., Bogun A.G., Stepanshina V.N.

Comparative genomics of Mycobacterium tuberculosis clinical strains, Isolated in Central Russia. International Journal of Infectious Diseases. - 12th ICID Abstracts, Lisbon Portugal, June 15-18, 2006, S281.

• Caoili J., Mayorova A., Sikes D., Hickman L., Plikaytis B., Shinnick T.

Evaluation of the TB-biochip oligonucleotid microarray system for rapid detection of rifampin resistance in Mycobacterium tuberculosis. Journal of Clinical Microbiology. - 2006. – V. 44. – P. 1-4.

Вернуться в раздел
Научные подразделения